O trio formado em Boston em 1986 por Bill Janowitz (vocais, guitarra), Chris Colbourn (baixo, vocais) e Tom Maginnis (bateria) foi influenciado pelo rock praticado por bandas como Hüsker Dü e Dinosaur Jr. O nome Buffalo Tom foi derivado da banda Buffalo Springfield e do primeiro nome do baterista.
O disco de estréia do trio americano, lançado em 1988 pelo selo SST Records e que tinha apenas o nome do grupo, foi produzido por J. Mascis (Dinosaur Jr). Birdbrain, o segundo, saiu em 1990.
Durante os anos 90, Buffalo Tom "se especializou" em construir belas baladas, como os hits "Taillights Fade" e "Mineral" do álbum Let Me Come Over, de 1992, e "Soda Jerk" e "Late at Night", ambas do disco Big Red Letter Day de 1993.
Na sequencia, a banda lançou os discos Sleepy Eyed (1995) e Smitten (1998). Em 2000 saiu o "best of" Asides from Buffalo Tom e, em 2002, a compilação Besides: A Collection of B-Sides and Rarities.
Depois de quase uma década de inatividade, Buffalo Tom retornou em 2007 para alguns shows, incluindo participação no South by Southwest Music Festival. Ainda, em 2007, a banda lançou álbum Three Easy Pieces.
Skins, o oitavo álbum de estúdio da banda, foi lançado em fevereiro de 2011 pelo próprio selo do trio, o Scrawny Records. Um novo álbum, Quiet and Peace, chegou em 2018, seguido por Jump Rope de 2024.
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