A banda The Flaming Lips foi formada em 1983 na cidade de Oklahoma, estado americano de Oklahoma, pelo guitarrista Wayne Coyne. Sua música eclética se consagrou no cenário do rock alternativo pelos seus arranjos psicodélicos, experimentalismos, letras viajantes e músicas com títulos bizarros.
Intitulado simplesmente The Flaming Lips, o primeiro registro da banda foi lançado em 1985, em vinil, tendo Wayne Coyne (guitarra), seu irmão Mark Coyne (vocais), Michael Ivins (baixo) e Richard English (bateria) na formação. Após esse lançamento, Mark Coyne saiu da banda e Wayne assumiu os vocais.
O trio lançou o primeiro álbum, Hear It Is, em 1986. E, no ano seguinte saiu Oh My Gawd!!!.... Nessa época, o The Flaming Lips excursionou, abrindo shows do Butthole Surfers e Wayne Coyne iniciou uma amizade com Jonathan Donahue, que mais tarde formaria o Mercury Rev.
Em 1988, após as gravações do álbum Telepathic Surger, lançado em 1989, o baterista Richard English saiu do grupo. Nathan Roberts foi adicionado na bateria e Jonathan Donahue se tornou um membro temporário do The Flaming Lips, contribuindo no álbum In a Priest Driven Ambulance de 1990.
Em 1991, a banda assinou contrato com a Warner Bros., e o primeiro disco pela grande gravadora, Hit to Death in the Future Head, foi lançado em 1992. Em seguida, Donahue saiu do grupo para se dedicar ao Mercury Rev. E, também, o baterista Nathan Roberts também saiu da banda.
Com um novo baterista, Steven Drozd, e o novo guitarrista, Ronald Jones, o The Flaming Lips lançou em 1993 o cultuado álbum Transmissions from the Satellite Heart. Esse disco deixou a banda em evidência, principalmente pelo hit "She Don't Use Jelly".
Em 1995, o grupo retornou com um novo álbum de estúdio, Clouds Taste Metallic. No ano seguinte, o guitarrista Ronald Jones saiu da banda e o Flaming Lips passou a ser um trio. Ainda nos anos 90, a banda lançou mais dois álbuns de estúdio: Zaireeka (1997) e o elogiado The Soft Bulletin (1999).
Yoshimi Battles the Pink Robots, álbum de 2002, foi aclamado pela crítica. E, na sequência, a banda lançou os discos At War with the Mystics (2006) e Embryonic (2009).
Com colaborações do grupo Stardeath and White Dwarfs, Henry Rollins e Peaches, The Flaming Lips lançou em 2009 o álbum The Flaming Lips and Stardeath and White Dwarfs with Henry Rollins and Peaches Doing The Dark Side of the Moon, que se trata de regravações das faixas do clássico álbum The Dark Side of the Moon do Pink Floyd. Também com diversos convidados, incluindo Bon Iver, Nick Cave, Kesha, Yoko Ono e Tame Impala, a banda lançou em 2012 o disco The Flaming Lips and Heady Fwends.
The Terror, seu décimo terceiro álbum de estúdio, saiu em 2013. Com colaborações de artistas como J Mascis, Miley Cyrus, Moby, Phantogram, Julianna Barwick e Tegan and Sara, a banda lançou em 2014 o disco With a Little Help from My Fwends, um tributo faixa-a-faixa para o álbum Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band dos Beatles.
Em janeiro de 2017, a banda lançou Oczy Mlody, seu décimo quarto álbum de estúdio. Seu sucessor, King's Mouth: Music and Songs, saiu em 2019, seguido por American Head de 2020.
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