Mercury Rev foi formado em 1989 na cidade de Buffalo, no Estado americano de Nova York, por David Barker (vocais), Jonathan Donahue (vocais, violão), Sean "Grasshopper" Mackiowak (vocais, guitarra, flauta), Dave Fridmann (baixo, piano, mellotron), Suzanne Thorpe (flautas) e Jimy Chambers (bateria, clavinete). Essa formação foi mudança no decorrer do tempo. No início dos anos 2000, apenas Jonathan Donahue e Grasshopper se mantinham como membros constantes.
O rock experimental, psicodélico e viajante, caracterizado por guitarras barulhentas, foi gradativamente se tornando mais melódico e com uma sonoridade mais minimalista. Yerself Is Steam, o álbum de estreia da banda, lançado em 1991, foi aclamado pela crítica. Após o segundo álbum, Boces (1993), desentendimentos levaram David Barker a sair do grupo. Jonathan Donahue assumiu o vocal principal e a banda seguiu outra direção, na qual a sonoridade ruidosa de suas canções foi substituída por um som mais orquestrado, porém mantenho o experimentalismo, em seus discos posteriores.
Em 1995 foi lançado o terceiro álbum, See You On the Other Side. E, em 1998, saiu o aclamado Desert's Songs. A fascinante combinação instrumental e a voz delicada de Donahue dão uma dimensão profunda para músicas como "Holes", "Endlessly", "Opus 40", "Goddess On a Hiway" e a dançante "Delta Sun Bottleneck Swamp", no quarto disco de estúdio do grupo.
Após o Desert's Songs, Mercury Rev lançou no dia 11 de setembro de 2001, nos EUA, o álbum All Is Dream. Na sequência saíram The Secret Migration (2005) e Snowflake Midnight (2008).
A banda retornou com um novo álbum em 2015, quando lançou The Light in You, seu nono disco. The Light in You foi seu primeiro álbum produzido somente pela banda, com a colaboração de antigo membro Dave Fridmann.
Em fevereiro de 2019, a banda lançou o disco Bobbie Gentry's The Delta Sweete Revisited , um tributo ao álbum ‘The Delta Sweete’, o segundo da cantora norte-americana Bobbie Gentry, lançado em 1968. Todas as canções desse tributo são cantadas por cantoras convidadas. Entre elas estão Norah Jones, Hope Sandoval, Rachel Goswell (Slowdive), Laetitia Sadier, Marissa Nadler e Beth Orton.
O grupo retornou em 2024 com um novo trabalho de músicas novas, quando lançou Born Horses.
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