O nome Belle & Sebastian saiu de um desenho animado francês, sobre um garoto e seu cachorrinho. A formação do grupo começou em 1995, em Glasgow, Escócia. Sob influências de bandas como The Smiths, James e Felt, o B&S se tornou um dos grupos de indie pop mais cultuados do Reino Unido na segunda metade dos anos 90.
Em 1996, a banda teve a sua formação inicial definida com os estudantes universitários Sarah Martin (violino), Stevie Jackson (guitarra), Chris Geddes (teclados), Stuart David (baixo), Richard Colburn (bateria), Isobel Campbell (cello) e Stuart Mordoch (voz e guitarra). Naquele ano, o grupo lançou no mês de maio seu primeiro álbum, Tigermilk, inicialmente somente em vinil, pelo selo Electric Honey Records, com tiragem de 1000 cópias. Ainda, no final de 1996, saiu o segundo disco, If You're Feeling Sinister, pelo selo Jeepster Records.
Em 1997, o Belle & Sebastian lançou três elogiados EPs: Dog On Wheels, Lazy Line Painter Jane e 3.. 6.. 9 Seconds of Light. A música "Lazy Line Painter Jane" tem a participação de Monica Queen, uma amiga da banda, nos vocais. Ainda em 1997, a banda assinou contrato com o selo americano Matador Records. E em setembro de 1998 saiu o álbum The Boy With the Arab Strap.
Em 2000, após o lançamento do disco Fold Your Hands Child, You Walk Like A Peasant, Stuart David deixou o grupo para se dedicar ao seu projeto solo, Looper. Bobby Kildea entrou em lugar.
No ano de 2001, a banda lançou dois EPs: Jonathan David e I'm Waking Up to Us. E no seguinte, a trilha sonora de 'Storytelling', filme de Todd Solondz. Durante a turnê de 2002, Isobel Campbell deixou a banda. Naquele mesmo ano, Belle & Sebastian assinou contrato com a Rough Trade Records.
Pela Rough Trade Records, o grupo lançou os álbuns Dear Catastrophe Waitress em 2003 e The Life Pursuit em 2006.
Belle and Sebastian Write About Love (2010) e Girls in Peacetime Want to Dance (2015) foram os álbuns lançados pela banda na sequência.
Em 2019 chegou Days of the Bagnold Summer, álbum que serviu de trilha sonora para o filme homônimo do diretor inglês Simon Bird. A banda retornou em 2022 com A Bit of Previous. No início do ano seguinte chegou Late Developers.
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